Единственная сфера деятельности приказов — судебная, которая была неотделима от собственно управленческой, — получила подробное и четкое законодательное оформление в своей процедурной, делопроизводственной части. Эта область функционирования исполнительных органов порождала в процессе своей реализации множество вопросов и проблем, почему и было необходимо четко определить, как должны действовать исполнители всех уровней в каждом отдельном случае на каждом этапе процедуры и какие санкции полагаются за наиболее распространенные служебные нарушения и преступления. По этой же причине законом предусматривалось скрупулезное документирование всех этапов судебного процесса.
Вместе с тем, ни в Соборном Уложении, ни в отдельных законодательных актах не отражены принципы устройства центральной администрации: не определены номенклатура и иерархия должностей, нет общих служебных инструкций по вопросам приказного делопроизводства. Некоторое исключение составляют законы о должностных обязанностях служащих приказов. Но и здесь основной принцип законодательства — от практики — определяет их характер. Должностные обязанности разных категорий приказных служащих устанавливаются в законах не сами по себе, а в связи с определенным судебным, административным или делопроизводственным процессом или конкретной ситуацией, делом. Закон в определении должностных обязанностей государственных служащих отталкивался не от должностного регламента, а от практики управления, и только в тех случаях, когда эта практика ставила вопросы. Во всех остальных случаях, в том числе связанных и с общими принципами устройства и функционирования приказной системы, деятельность органов управления основывалась на традиции, на богатом опыте, передаваемом от одного поколения приказных другому до тех пор, пока сотрудники государственных учреждений не столкнутся в своей профессиональной деятельности с какими-либо противоречиями или неувязками, которые повлекут принятие соответствующего закона.
Такой стихийный, иррациональный с обычной точки зрения подход к управлению был по-своему разумным и практичным. Он по своей сути соответствовал приказной системе — естественному продукту социальных требований и воздействий. Не парализованные организационными схемами и должностными инструкциями или тем, чтобы права каждой категории служащих точно соответствовали их обязанностям, приказы обладали большими адаптивными возможностями, способностью приспосабливаться к нуждам времени, модифицироваться: одни приказы заменялись другими, изменялась их компетенция, исчезали и появлялись их структурные подразделения — столы, но вся приказная система в целом не претерпевала значительных изменений. Отсутствие же законов, определяющих основные принципы устройства и функционирования приказной системы, как раз и свидетельствует об отсутствии в ней внутренних противоречий, а следовательно, о ее устойчивости.
Сформировался особый слой служилых людей - чиновников, подчиненных верховной власти и зависимых от нее. Дьяки и подьячие, являясь фактическими исполнителями правительственных решений, нередко располагали большой властью в разрешении конкретных вопросов, что приводило к служебным потреблениям, порождало взяточничество и волокиту, о чем неоднократно упоминает законодательство, устанавливая наказания за взятки судей центральных и местных государственных органов. Крестоприводные записи губных и земских старост и целовальников содержали специальное обязательство не брать «посулы». Однако законы ловко обходились, и так называемое производство дел стало ареной многочисленных злоупотреблений.
Ученые отмечают нечеткость разделения функций и сложную систему распределения денежных средств по приказам. В новых условиях оперативный сбор сведений о государственных доходах и расходах, предпринятый Сенатом, оказался практически невозможным. Нерасчлененность функций учреждений, консервативность привычных порядков приводили к тому, что ответственных лиц найти было невозможно. Практическая деятельность канцелярии Сената в рассматриваемый период, направленная на налаживание контроля, централизацию управления, оказалась связанной с большими организационными трудностями, особенно при попытках централизации учета и сбора сведений из приказов и местных учреждений. Правительство стремилось ужесточить контроль над финансовыми средствами приказов, над соответствующей документацией. В 1711 году именным и сенатскими указами начали большую работу по контролю над финансовыми документами Большой казны, монетных дворов, всех центральных и местных учреждений: затребовали приходорасходные книги 1700-1711 годов и ведомости о недоимках по всем сборам и подрядам. Переписка по этим вопросам занимает значительное место среди делопроизводственных источников канцелярии Сената. Сенат разослал об этом указы, назначил конкретных людей, отвечающих за сбор ведомостей. Организация присылки из приказов и Московской губернской канцелярии ведомостей о взыскании недоимок (подрядных и долговых, в соответствии с этими указами за время с 1700 по 1711 год) затянулась. Помимо рассылки указов, Сенат в ряд губерний послал своих представителей.