Тогда же был дан указ президентам коллегий выбирать советников и асессоров не из своих родных и друзей, а на каждое место выдвинуть по 2-3 кандидата, и выставить их на обсуждение всех коллегий.
Сразу же выделяется группа коллегий военного и внешне-политического ведомства: военная, адмиралтейская и иностранных дел. Они занимали привилегированное положение в системе государственных учреждений благодаря тому огромному значению, которое придавал Пётр армии, флоту, дипломатии, а также той роли, которую играли в управлении их президенты - первейшие сподвижники Петра.
Из всех коллегий особо выделяется группа финансовых коллегий. Главной фискальной коллегией стала камер-коллегия, ведавшая всем приходом денег и бюджетным планированием денежных поступлений. Расход на нужды государства осуществлялся через штатс-контор-коллегию, игравшую роль центральной кассы, а контроль и наблюдение за работой финансовых органов предписывался независимой от других ревизион-коллегии.[13]
Юстиц-коллегия заменила сразу несколько судных приказов, отобрала судебные функции у многих приказов неюридического профиля. Но из её компетенции выпали многочисленные социальные и профессиональные группы населения: горожане, купцы, промышленники, работные люди отошли в ведение коммерц- и берг-мануфактур-коллегий, Главного магистрата, военными занимались военная и адмиралтейская коллегии, церковнослужителями - Синод.
В отличие от приказов коллегии (за редким исключением) строились по функциональному принципу и наделялись компетенцией в соответствии с возложенными на них функциями. Каждая коллегия имела свой круг ведомств. Другим коллегиям запрещалось вмешиваться в дела, не подлежащие их ведению. При коллегии состоял фискал, а позже прокурор, контролирующий их деятельность.
Количество коллегий не было постоянным. В 1722 году, например, была ликвидирована Ревизион-коллегия, но позже восстановлена. Для управления Украиной в 1722 году была создана Малороссийская коллегия, несколько позже — Коллегия экономии (1726 год), Юстиц-коллегия, Лифляндских, Эстляндских и Финляндских дел (около 1725 года) и другие. Руководили коллегиями (являлись их президентами) наиболее близкие сподвижники Петра I: А.Д. Меншиков, Г.И. Головкин, Ф.М. Апраксин, П.П. Шафи-ров, Я.В. Брюс, А.А. Матвеев, П.А. Толстой, Д.М. Голицын.
13 мая 1720 года Петр определил так называемую "знатную особу", а с нею секретаря, для приема челобитных, которые после принятия надлежало рассылать по коллегиям и канцеляриям. Вообще коллегии были плодом того взгляда, что все чужое, европейское, лучше русского. Первый, навеявший Петру мысль о коллегиях, был Лейбниц, который выражался, что хорошее управление государством, подобное божескому управлению вселенной, может существовать только при коллегиях, которых внутреннее строение напоминало бы устройство часов, где колеса взаимно приводят в движение одно другое. Петру глубоко запали в ум наставления немецкого мудреца, и, через многие годы после бесед с ним, Петр устроил коллегии, приблизительно в тех основных формах, в каких наметил Лейбниц. Но вскоре оказалось, что не все удается сразу на практике, что кажется хорошим в предположениях.[14]
Учредивши коллегии, государь скоро стал выражать недовольство на старинную медленность в делах. Иногда предписание высшего начальства оставалось и без исполнения, и без ответа. Царь повелел немедленно отвечать на другой день после получения бумаги, и только в важных делах давался недельный срок для ответа. За неисполнение указа царь угрожал разорением, ссылкою и даже лишением живота. Несмотря на такую угрозу, Петру беспрестанно приходилось слышать жалобы на неисполнение предписаний. На такие заявления коллегий Петр пригрозил губернским и провинциальным властям жестоким наказанием за неисправность. Но такие угрозы были явлением чересчур обычным, чтобы иметь большое влияние. От губернаторов и воевод "не только слабое отправление идет, но и весьма многое ослушание чинится и якобы ни во что оное вменяя тщатся только восстановить надлежащий в коллегиях порядок, а фискалы о том не доносят . один суд другой суд ни во что вменяет и не только исполнять, но с яростью поносить хочет", такую картину современного порядка изображал государь в своем указе. Все делалось как будто в насмешку над изданным недавно «Генеральным регламентом», по которому все правительственные и судебные места должны были оказывать друг другу взаимное вспоможение. В самом составе коллегии происходили раздоры. Членам юстиц-коллегии Петр должен был замечать, чтоб они не считались местами и не ссорились из-за мест, и припомнил им, что старые разряды давно уже навеки оставлены и до конца искоренены. При злоупотреблениях тогдашних русских судебных и административных мест, при неразвитости народа, царская воля толковалась чрезвычайно произвольно. Чтобы положить пределы беззакониям, в начале 1720 года царь указал вперед посылать не письменные, как прежде бывало, а печатные указы и прочитывать их народу в церквях.[15]