После смерти Веры Верховской в 1869 г., игуменьей стала мать Афанасия – в миру Наталия Григорьевна Кочалова, из дворян Калужской губернии. Мать Афанасия была очень деятельна; за отчитывание больных и поминовение неимущих она платила священнику из своих денег. Матушка заботилась о страждущих, подавала бедным и уговаривала старообрядцев принять православие. Она завела лошадей, коров, разбиралась во всех монастырских нуждах: "до последнего своего воздыхания, добрейшая мать Афанасия заботилась о своих духовных чадах".
Похоронили матушку в склепе, за церковью, с правой стороны. Через три года после ее смерти одна монахиня ночью видела свет над ее могилой.
Третьей игуменьей с 1881 года была внучатая племянница старца Зосимы – мать Магдалина, в миру Мария Ивановна Верховская. Мать Магдалина старалась оградить монастырь от мирского шума и приобрела в окрестности лесные и пахотные угодья. Правление ее монастырем было тихое и безмятежное. Матушка Магдалина любила церковное пение и приглашала в монастырь учителей музыки. Второй ее привязанностью были книги. После ее смерти в обители осталась богатая библиотека духовно–нравственного содержания. Матушка умерла 27 ноября 1901 г. на 67 году жизни.
После смерти матери Магдалины, монахини пригласили монахиню Софью из Московского Ивановского монастыря игуменствовать в их монастырь. При матушке Софье, в миру Марии Никандровны Быковой, монастырь процветал.
В 1908 г. в монастыре было 30 монахинь и 246 послушниц. Обители принадлежало 618 десятин земли. При монастыре был странноприимный дом, богадельня и больница для сестер обители. "В день святой Троицы и 28 июля совершались крестные ходы вокруг монастыря". В странноприимном доме питали всех богомольцев, приходивших к святыням обители; больница и богадельня содержались на средства монастыря. Значительные суммы тратились на помощь неимущим крестьянам и милостыню нищим. При монастыре был песцовый завод, начало которому положили несколько песцов, привезенных из Сибири по просьбе отца Зосимы. Монахини употребляли пух, собираемый дважды в год, на вязание варежек, косынок и шарфов. Завод составлял для обители доходную статью, принося ей ежегодно 600 рублей и более.
С появлением в начале ХХ века железнодорожной станции "Зосимова пустынь" до обители проложили грунтовую дорогу длиной в шесть верст.
После революции 1917 года монастырь попал в тяжелое материальное положение. Монахини и послушницы голодали. Матушка Софья была тяжело больна и не могла справиться с трудностями. Новой игуменьей в 1920 г. была избрана матушка Афанасия, в миру Александра Васильевна Лепешкина. Став игуменьей, матушка Афанасия пошла по пути создания сельскохозяйственной артели. Это был единственный шанс выжить. Инструктор А. Котов, проводивший ревизию состояния дел в монастыре осенью 1922 года, писал в земельный отдел исполкома Московского губернского Совета: "У членов артели общий стол и общие работы. Заработки от отхожего промысла сдаются в общую кассу. Качество труда и интенсивность не учитываются. Каждый работает столько, сколько может. Степень коллективности самая высокая".
Артель просуществовала лишь восемь лет. Голод и холод резко подорвали здоровье игуменьи. С 1925 года матушку лечил врач Петровской больницы Михаил Михайлович Мелентьев. Он оставил свои воспоминания о монастыре тех дней: "Наконец показались башни и белые стены монастыря. Подъехали к святым воротам. Монастырский двор-кладбище был необширен, тих и пустынен. В центре стоял небольшой белый храм, окруженный могильными крестами, кое-где с горящими лампадами.… В корпусе стоял какой-то давний, уютный запах древней мебели, печеного хлеба, ладана. Тикали часы, и стояла ничем не нарушаемая тишина".
Доктор был очарован матушкой–игуменьей: "Я увидел на белоснежной постели, у чудесного ковра на стене, красавицу игуменью в белом апостольнике, большеглазую, черноокую, не молодую, но и не старую, нет, а очень моложавую, с прекрасным цветом лица". Почти до самой кончины матушки Мелентьев заботился о ее здоровье и часто бывал на утренних и вечерних службах. В те дни матушке Афанасии приходилось опекать 300 человек сестер, в том числе 60 беспомощных старух.