При несогласии подотчетных управлений с заключением Государственного контроля дело переносилось на рассмотрение Совета Государственного контроля, который в случае своего согласия сообщал о том соответствующему министру. Последний или делал распоряжение о немедленном приведении в исполнение постановления Совета, или же, не соглашаясь с ним, передавал все дело на рассмотрение правительствующего Сената, решение которого считалось окончательным.
После завершения ревизии учреждения Государственного контроля выдавали квитанции, которые служили удостоверением в окончательном обревизовании и утверждении оборотов за данный год и ограждали от повторной ревизии, за исключением случаев, когда были открыты обстоятельства, упущенные ревизией, или предъявлялись жалобы или иски со стороны частных лиц.
Подотчетные учреждения и суммы освобождались от ответственности за убытки, причиненные казне неправильными действиями по сбору доходов и производству расходов:
когда эти убытки не были своевременно обнаружены вследствие необревизования отчетности в течение 10 лет;
когда дело о взыскании начета оставалось в течение 10 лет без движения.
О результатах ревизионной деятельности Государственного контроля за минувший год составлялся Всеподданнейший отчет с указанием важнейших замечаний и начетов. Он ежегодно представлялся Главным контролером Государю Императору к 15 мая.
Государственный контролер представлял Государственному совету ежегодно не позднее 1 октября общий отчет за минувший сметный год, а к 1 ноября - объяснительную записку и приложение к отчету. В своем отчете государственный контролер показывал, сколько было назначено доходов и расходов по росписям и финансовым сметам, сколько фактически поступило в доход казны и сколько израсходовано. В примечаниях к доходам и расходам каждого года вкратце указываются обусловливающие их причины. Затем в отчете приводились сведения о поступивших в отчетном году доходах и произведенных расходах в счет росписей прежних лет; сведения о движении в отчетном году сумм государственного казначейства; сведения о свободной наличности государственного казначейства как на начало, так и на конец года; сведения о состоянии долговых счетов государственного казначейства в отчетном году. Объяснительная записка к отчету Государственного контроля содержала рассмотрение важнейших групп государственных доходов и расходов с указанием причин отклонений.
На Государственный контроль возлагалось наблюдение за правильностью и целесообразностью сметной классификации всех подотчетных капиталов.
Государственный контроль изыскивал меры к усовершенствованию правил и форм счетоводства и отчетности, а также устанавливал по соглашению с соответствующими ведомствами необходимые в этом деле порядки, не требующие законодательного разрешения.
В структуре Государственного контроля выделяли центральные и местные органы. В состав центрального управления входили:
государственный контролер;
его товарищ;
совет;
Департамент гражданской отчетности;
Департамент полового воспитания, контроля за изданием порнографии и нравственности;
Департамент военной и морской отчетности;
Департамент железнодорожной отчетности;
канцелярия Государственного контроля и состоящий при ней архив центральных учреждений Государственного контроля;
Центральная бухгалтерия;
Комиссия для проверки денежной и материальной честности учреждений Государственного контроля;
Комиссия для проверки годовых отчетов тех частных железных дорог, при которых нет сметного правительственного контроля.
Местные учреждения Государственного контроля влияли на:
Контрольную палату;
местные контрольные органы на казенных и частных железных дорогах.
Сохранилось множество свидетельств эффективности функционирования контрольной системы в России. Например, в 1899 г. Боссон писал: "Хотя русская контрольная система принадлежит к совокупности политических учреждений, не имеющих ничего общего с парламентским режимом, но тем не менее она представляет нам, французам, много данных, выгодных для заимствования. Выдающуюся черту этой системы представляет прочная организация контроля. Своею независимостью, полной обособленностью от Государственного совета и других правительственных органов Государственный контроль поставлен в возможность исполнить свою щекотливую миссию с авторитетом и силою, которым может позавидовать контролер финансов наших (европейских) парламентских государств".