1 января 1869 г. Александр II утвердил новое «Положение о Военном министерстве», в котором верховное начальство над всеми сухопутными силами империи сосредоточивалось в особе государя-императора.
Военное министерство по новой структуре состояло из Императорской Главной квартиры и Военно-походной канцелярии его величества, Военного совета, Главного военного суда, Канцелярии Военного министерства, Главного штаба, 7 главных управлений (вместо отдельных департаментов). В состав министерства вошли также Военно-ученый комитет, управления генерал инспектора кавалерии, инспектора стрелковых батальонов и комитета о раненых.
К Военному министерству был также причислен главный священник армии и флота.
Реформы, начатые в 60-х гг., коснулись и Генерального штаба. Основная цель преобразования его состояло в том, чтобы Генеральный штаб охватил все отрасли штабной службы. В 1864 г. был упразднен гвардейский генеральный штаб.
Ранее служба офицеров, причисленных к Генеральному штабу, не давала им преимуществ. Самое большее, на что могли рассчитывать генштабисты, - это должность обер-квартирмейстера корпуса. В большинстве же случаев они назначались дивизионными квартирмейстерами (обер-офицерская должность, на которую допускались сначала подполковники, а затем полковники). Офицеры Генерального штаба были оторваны от войск и не могли претендовать на высшие должности в армии. Переход их в строевые части, где оклады были выше, представлял определенные трудности.
Ввиду этого желающих служить в Генеральном штабе становилось все меньше.
В 1865 г. вышло «Положение для Генерального штаба», дававшее право причисленным к нему офицерам занимать должности, не только относящиеся по штату к Генеральному штабу.
По положению устанавливалось правило: прежде чем получить назначение командиром полка, необходимо не менее года командовать отдельными частями. Это, с одной стороны приближало к войскам, а с другой, - давало более широкую возможность продвижения по службе.
В свою очередь предъявляли повышенные требования к подготовке офицеров Генерального штаба.
Д.А. Милютин добился уравнения в чинах между гвардейскими и армейскими офицерами, причисленных к Генеральному штабу.
Такие меры подняли значение офицера Генерального штаба, увеличилось количество желающих служить в нем, а армия, в свою очередь, получила высокообразованных офицеров в области военного дела.
Одновременно с преобразованием в центральном военном управлении проходила и реорганизация местного военного управления.
Основная власть была отдана военному министру, но с другой стороны, допущена была в административном отношении и некоторая децентрализация — в виде военных округов, командование которыми в мирное время являлось довольно самостоятельным органам, соединяя в лице командующего округом права корпусных командиров и права военных генерал-губернаторов по отношению к войскам.
Начиная с 1862 г. постепенно на военные округа была поделена (за исключением области войска Донского) вся Россия.
Приказом Милютина от 6 июли 1862г. в виде опыта в том же году были созданы Варшавский, Виленский, Киевский, Одесский военные округа.
Опыт оказался удачным и в 1864 г. были образованы Рижский, Казанский, Московский, Петербургский, Харьковский и Финляндский, в 1865 г. – Восточно-Сибирский, Западно-Сибирский, Кавказский и Оренбургский, в 1867 г. – Туркестанский военные округа.
Полномочия командующего округом позволили устранить существовавшую раньше волокиту, несогласованность и споры между строевыми начальниками и хозяйственными инстанциями.
Вместе с задачами децентрализации военного управления и создания условий для оперативного развертывания частей во время войны на командующих округов возлагалось содействие гражданским властям «для сохранения порядка в крае».
В случае войны штаб округа становился штабом действующей армии.
Тем не менее, в результате проведенных преобразований в 1862-1869 гг. система управления значительно приблизилась к войскам. В ведении Воинского министерства остались лишь те вопросы управления, которые имели значение для всей армии. Аппарат Военного министерства сократился почти на тысячу человек, а канцелярская переписка уменьшилась на 45%.