Большинство населения Великого княжества Литовского составляют крестьяне. И если ранее они имели возможность к перемещению и смене хозяина, то в 1447 г. правительство Литвы издало привилей, запрещающий перемещение крестьян с частных земель на государственные. Этот указ предвещал закрепощение крестьян.[68] Что касается вопросов религии, то ещё после первого объединения Литвы и Польши в 1382 г. католичество начинает активно распространяться среди литовских земель. Русским с большим трудом удалось отстоять своё право на приверженность православию. Вследствие этого возникло положение, когда приверженец греческой церкви получал меньше привилегий, чем католик. После принятия Флорентийской унии в 1439 г. была попытка подчинить западнорусскую церковь папе. Западнорусские епископы остались верны православию, но церковь перешла под власть константинопольского патриарха, вместо того, что бы сохранять зависимость от московского митрополита. даже после принятия Брестской унии в 1596 г. большинство населения великого княжества на длительное время осталось верно греческому православию.
В это время происходит всё более широкое объединение Восточной Руси вокруг Москвы. При Иване III к ней были присоединены Ярославль, Новгород, Тверь, Вятка. Пермь и другие земли. Планы Ивана были направлены и на присоединения земель Западной Руси, находящихся под властью Великого княжества Литовского. После многих лет пограничных конфликтов, а так же частых союзов, в которых Москва сотрудничала с Крымским ханством, а Литва с Золотой ордой, в результате которых к Москве отошли некоторые территории Литвы на востоке, вспыхнула война. Её начало совпало со смертью Казимира. Воспользовавшись случаем, московские войска заняли ряд приграничных городов. Без труда Москва овладела и некоторыми верховскими княжествами, князья которых, обиженные неравноправным отношением к православным феодалам в Литве, перешли на сторону государя московского. Это такие, как Воротынские, Вяземские, Бельские. В это время после смерти Казимира трон великого князя Литовского занимает его сын Александр, в 1501 г. становящийся королём Польши.
Следующая война произошла в 1500-1503 гг. Перевес был на стороне Москвы, после битвы под Дорогобужем 14 июля 1500 г. где литовские войска были разбиты, ход войны меняется с перевесом в её сторону. Решению дела миром способствовало заключение Литвой унии с Польшей, где в то время правил Ян Альбрехт, брат Александра Казимировича, и союз с Ливонским орденом, направленные против Москвы, что создавало перевес в пользу Великого княжества Литовского. Миру способствовала и жена Александра, дочь Ивана III. В результате переговоров и заключению мирных соглашений, к Московскому княжеству отходила огромная территория с такими городами как Брянск, Велиж, Гомель, Любеч, Мценск, Путивль, Новгород-Северский, Чернигов и многие другие.[69]
В 1506 г. после смерти Александра, польский престол, равно как и литовский, занимает его брат Сигизмунд I Старый. Стремясь к реваншу за потерянные территории в войнах 1492-1494 и 1500-1503 гг. с Московским княжеством, он начинает с ним войну с требованием возвратить утерянные земли. После ряда походов в пределы друг друга и боевых столкновений в 1507-1508 гг., не принёсших результата ни одной стороне, было подписано соглашение о «вечном мире», по которому стороны оставались в прежних после предыдущих войн границах.
Четвёртая война началась в 1512 г., когда Василий III, сын Ивана III завершая оформление своих западных границ, совершил поход на Смоленск. В результате третьего похода в мае 1514 г. Смоленск был взят. Московские же войска потерпели сокрушительное поражение под Оршей в сентябре 1514 г. от литовских войск под предводительством К. Острожского. После этого ещё на протяжении нескольких лет военные действия продолжались, и закончились лишь в 1520 г. Смоленск остался за Москвой. Таким образом, Великое княжество продолжало терять свои земли.
В результате следующей войны 1534-1537 гг. княжество потеряло ещё Себеж и Заволочье. Установленная граница лишь незначительно изменилась после Ливонской войны 1558-1583 гг.