«Среди естественного обилия и богатства земли плодоносной, населенной хлебопашцами трудолюбивыми; среди благословений долговременного мира, и в Царствование деятельное, предусмотрительное, пала на миллионы людей казнь страшная: весною, в 1601 году, небо омрачилось густою тьмою, и дожди лили в течение десяти недель непрестанно так, что жители сельские пришли в ужас: не могли ничем заниматься, ни косить, ни жать; а 15 Августа жестокий мороз повредил как зеленому хлебу, так и всем плодам незрелым. Еще в житницах и в гумнах находилось немало старого хлеба; но земледельцы, к несчастию, засеяли поля новым, гнилым, тощим, и не видали всходов, ни осенью, ни весною: все истлело и смешалось с землею. Между тем запасы изошли, и поля уже остались незасеянными.» [2]
Это же, хотя и в меньших масштабах, повторилось в 1602 году. Вследствие этого, не помогло даже теплое лето 1603 года, так как крестьянам просто нечего было сеять – из-за двух прошлых неурожаев, не было семян.
К чести правительства Годунова, оно как могло пыталось смягчить последствия неурожаев, раздавая земледельцам семена для посадки, и регулируя цены на хлеб (вплоть до создания подобия «продотрядов», выявляющих спрятанные запасы хлеба, и заставляющих продавать их по установленной правительством цене). Чтобы дать работу голодным беженцам, Годунов начал перестраивать каменные палаты московского Кремля («…пристроил в 1601 и 1602 годах, на месте сломанного деревянного дворца Иоаннова, две большие каменные палаты к Золотой и Грановитой, столовую и панихидную, чтобы доставить тем работу и пропитание людям бедным, соединяя с милостию пользу, и во дни плача думая о велелепии!» [2]). Он также издал указ о том, что все холопы, оставленные своими хозяевами без средств к пропитанию, автоматически получают вольную. Но этих мер было явно недостаточно. Жертвами голода стало около трети населения страны. Спасаясь от голода, люди массово бежали «в казаки» - на Дон и в Запорожье. Надо сказать, что политика «вытеснения» криминальных и потенциально неблагонадежных элементов на северo-западные границы, практиковалась еще Иоанном IV, и была продолжена Годуновым («Еще Иоанн IV, желая населить Литовскую украйну, землю Северскую, людьми годными к ратному делу, не мешал в ней укрываться и спокойно жительствовать преступникам, которые уходили туда от казни: ибо думал, что они, в случае войны, могут быть надежными защитниками границы. Борис, любя следовать многим государственным мыслям Иоанновым, последовал и сей, весьма ложной и весьма несчастной: ибо незнаемо изготовил тем многочисленную дружину злодеев в услугу врагам отечества и собственным.» [2]). Действительно, вся эта огромная масса на рубежах России стала опасным горючим материалом, готовым вспыхнуть от малейшей искры.
Эти неурожаи закономерно закончились крестьянским восстанием 1603 года под руководством атамана Хлопка. Крестьянская армия направлялась к Москве, и разгромить ее удалось лишь ценой больших потерь правительственных войск, причем сам воевода Иван Басманов погиб в бою. Атаман Хлопок был взят в плен и, по одним источникам, умер от ран, по другим же был казнен в Москве.
Помимо крестьянских волнений, жизнь Годунову непрестанно отравляли заговоры знати, как подлинные, так и воображаемые. Можно было подумать, будто Годунов заразился паранойей от своего первого патрона – царя Иоанна IV. В 1601 году был репрессирован его старый соратник и друг Богдан Бельский – Годунов приказал пытать его, после чего сослал в «один из низовых городов», где тот и находился до самой смерти Годунова. Причиной репрессий стал пустяковый донос на Бельского от его слуг – будто бы тот, служа воеводой в городе Борисове, позволил себе пошутить: «Борис царь в Москве, а я – царь в Борисове». Незамысловатая шутка обошлась Бельскому весьма дорого.
В том же, 1601 году, более масштабный процесс был затеян против семейства Романовых, а также их сторонников (Сицких, Репниных, Черкасских, Шестуновых, Карповых .). «Вельможа Семен Годунов, изобрел способ уличить невинных в злодействе, надеясь на общее легковерие и невежество: подкупил казначея Романовых, дал ему мешки, наполненные кореньями, велел спрятать в кладовой у Боярина Александра Никитича и донести на своих господ, что они, тайно занимаясь составом яда, умышляют на жизнь Венценосца. Вдруг сделалась в Москве тревога: Синклит и все знатные чиновники спешат к Патриарху; посылают окольничего Михайла Салтыкова для обыска в кладовой у Боярина Александра; находят там мешки, несут к Иову и в присутствии Романовых высыпают коренья, будто бы волшебные, изготовленные для отравления Царя.» [2] Последствия этой провокации были для Романовых и их сторонников самые печальные – все они были частью насильно пострижены в монахи, частью сосланы, имущество их было конфисковано.