В 1960-е годы, из-за идеологических расхождений и политического соперничества, возникла серьезная напряженность в советско-китайских отношениях. С их ухудшением из Монголии, которая приняла в этом конфликте сторону СССР, в 1964 были высланы 7 тыс. китайцев, работавших по контрактам. На протяжении 1960–1970-х годов Улан-Батор многократно выступал с осуждениями в адрес КНР. То обстоятельство, что во Внутренней Монголии – автономном районе Китая – проживает значительное по численности монгольское население, лишь усиливало неприязнь. В начале 1980-х годов в Монголии были размещены четыре советские дивизии, составлявшие часть группы войск СССР, стоявшей вдоль северной границы Китая.
С 1952 по 1984 у власти в МНР находился Ю.Цэдэнбал, который совмещал должности Генерального секретаря ЦК МНРП, Председателя Совета Министров (1952–1974) и Председателя Президиума Великого Народного Хурала (1974–1984). После того как он был отправлен в отставку, на всех постах его сменил Ж.Батмунх. В 1986–1987, вслед за советским политическим лидером М.С.Горбачевым, Батмунх стал проводить в жизнь местный вариант политики гласности и перестройки. Неудовлетворенность населения низкими темпами реформ стала причиной многолюдных демонстраций в Улан-Баторе в декабре 1989.
Тогда же, в марте 1990, П.Очирбат стал главой государства. Вскоре после этого началась подготовка к выборам в высший законодательный орган страны. В конституцию 1960 были внесены поправки, исключавшие упоминания об МНРП как о единственной партии и единственной направляющей силе в политической жизни монгольского общества. В апреле состоялся съезд МНРП, целью которого было реформирование партии и подготовка к участию в выборах; генеральным секретарем ЦК МНРП делегаты съезда избрали Г.Очирбата. Хотя на состоявшихся в июле 1990 выборах в парламент МНРП получила 357 из 431 места в высшем законодательном органе, все оппозиционные политические партии смогли принять участие в предвыборной конкурентной борьбе в большинстве районов Монголии, нарушив тем самым монополию МНРП на власть. В 1992 была принята новая, демократическая конституция, по которой вводился пост президента страны. В том же году президентом был избран П.Очирбат (срок полномочий 1992–1997), представлявший демократические силы страны.
В сентябре 1990 было сформировано коалиционное правительство Д.Бямбасурэна, в которое, наряду с членами МНРП, вошли и представители оппозиции – Монгольской демократической партии, Монгольской социал-демократической партии, Партии национального прогресса. В июне 1992 МНРП вновь одержала победу на выборах: получив 56,9% голосов, она заняла в Великом Государственном Хурале 70 из 76 мест. Остальные мандаты достались «Демократическому блоку» (4 места) в составе демократической партии, Гражданской партии объединения и Национально-прогрессивной партий (позднее объединились в Национально-демократическую партию), социал-демократам и независимым (по 1 месту). После выборов было вновь сформировано однопартийное правительство МНРП во главе с П.Жасраем. Провозгласив «центристский курс», оно продолжало осуществлять начатые рыночные реформы, которые включали приватизацию земли и промышленности.
Политическое противоборство в стране нарастало. Оппозиционные партии (НДП, МСДП, Зеленые и Религиозная) объединились в блок «Демократический союз» и обвиняли власти в развале экономики, бездумном разбазаривании средств, коррупции и неэффективном управлении с помощью «старых коммунистических методов». Выступив под лозунгом «Человек – труд – развитие», они смогли выиграть парламентские выборы в июле 1996, получив 47,1% голосов и 50 из 76 мест в Великом Государственном Хурале. МНРП достались на сей раз 40,9% голосов и 25 мест. 1 мандат получила правая Объединенная партия национальных традиций. Во главе правительства встал лидер НДП М.Энсайхан. Победившая коалиция приступила к форсированию реформ. Быстрое преобразование централизованного хозяйства в рыночное повлекло за собой ухудшение положения значительной части населения и социальные конфликты. Недовольство сказалось быстро: президентские выборы в мае 1997 неожиданно выиграл кандидат МНРП Н.Багабанди, собравший около двух третей голосов избирателей. Новый президент учился в СССР, в 1970–1990 возглавлял один из отделов ЦК МНРП. В 1992 он был избран заместителем председателя ЦК МНРП, в 1996 возглавил парламентскую фракцию партии, в 1997 стал председателем партии.