В 1929 монгольское правительство организовало кампанию по передаче скота в коллективную собственность. Однако уже к 1932 пришлось вносить коррективы в проводимую политику из-за наступившей экономической разрухи и политических волнений. Начиная с 1936 наибольшее влияние в стране приобрел Х.Чойбалсан, выступавший против принудительной коллективизации. Пост премьер-министра республики Чойбалсан занял в 1939, а установленный им в Монголии порядок во многом являлся подражанием режиму Сталина. К концу 1930-х годов была закрыта большая часть буддийских храмов и монастырей; многие ламы оказались в тюрьме. В 1939 японцы, которые к тому времени уже оккупировали Маньчжурию и в значительной степени Внутреннюю Монголию, вторглись в восточные районы МНР, но были выбиты оттуда советскими войсками, пришедшими на помощь Монголии.
Монголия после Второй мировой войны. В феврале 1945 на Ялтинской конференции главы правительств союзников – Черчилль, Рузвельт и Сталин – договорились о том, что «статус-кво Внешней Монголии (Монгольской Народной Республики) должен быть сохранен». Для националистических сил (партия Гоминьдан), контролировавших в тот период правительство Китая, это означало сохранение положения, зафиксированного в советско-китайском соглашении 1924, по которому Внешняя Монголия являлась частью Китая. Однако, как настойчиво указывал Советский Союз, присутствие в тексте решений конференции названия «Монгольская Народная Республика» означало, что Черчилль и Рузвельт признали независимость Внешней Монголии. Готовность пойти на признание независимости Монголии выразил и Китай в договоре с СССР, заключенном в августе 1945, но при условии согласия на это жителей Внешней Монголии. В октябре 1945 был проведен плебисцит, в ходе которого подавляющее большинство ее населения согласилось с тем, чтобы страна получила статус независимого государства. 5 января 1946 Китай официально признал Монгольскую Народную Республику (МНР), а в феврале того же года МНР подписала с Китаем и Советским Союзом договоры о дружбе и сотрудничестве.
В течение нескольких лет отношения между МНР и Китаем (где у власти по-прежнему находилась гоминьдановцы) были омрачены рядом пограничных инцидентов, ответственность за которые обе страны возлагали друг на друга. В 1949 представители националистических сил Китая обвинили Советский Союз в том, что он нарушил советско-китайский договор 1945, посягнув на суверенитет Внешней Монголии. Впрочем, уже в феврале 1950 вновь провозглашенная Китайская Народная Республика в новом советско-китайском договоре о дружбе, союзе и взаимной помощи подтвердила действие положений договора 1945, касавшихся Монголии.
В конце 1940-х годов в Монгольской Народной Республике вновь была начата, а к концу 1950-х годов практически завершена коллективизация пастбищных животноводческих хозяйств. В этот послевоенный период в стране развивалась промышленность, создавалось многоотраслевое сельское хозяйство и расширялась добыча полезных ископаемых. После смерти в 1952 Х.Чойбалсана премьер-министром республики стал его прежний заместитель и генеральный секретарь ЦК Монгольской народно-революционной партии (МНРП) с 1940 Ю.Цэдэнбал.
После того как в 1956 председатель Совета Министров СССР Н.С.Хрущев осудил грубые нарушения законности в период сталинского режима, партийное руководство МНР последовало этому примеру в отношении прошлого собственной страны. Впрочем, данное событие не привело к либерализации монгольского общества. В 1962 жители Монголии с большим энтузиазмом и чувством национальной гордости праздновали 800-ю годовщину рождения Чингисхана. После возражений со стороны Советского Союза, объявившего Чингисхана реакционной исторической фигурой, все празднования были прекращены и началась суровая чистка кадров.