Обращением монголов в буддизм объясняется, хотя бы отчасти, быстрое подчинение их новой волне завоевателей – маньчжурам. Перед нападением на Китай маньчжуры уже господствовали в области, позднее названной Внутренней Монголией. Чахарский хан Лигдан (годы правления 1604–1634), носивший титул Великого хана, последний независимый преемник Чингисхана, попытался подчинить южных монголов, но те перешли в вассальную зависимость к маньчжурам. Лигдан бежал в Тибет, а чахары тоже подчинились маньчжурам. Халха держались дольше, но в 1691 маньчжурский император Канси, противник джунгарского хана Галдана, созвал правителей халхаских кланов на встречу, на которой они признали себя его вассалами. Вассальная зависимость Монголии от Цинского Китая продолжалась до начала 20 в. В 1911–1912 в Китае произошла революция, в ходе которой была свергнута манчьжурская династия Цин и провозглашена Китайская Республика. Внешняя Монголия (территориально совпадающая с нынешней Монголией) объявила о своей независимости. То же самое хотела сделать и Внутренняя Монголия, однако ее движение за независимость было подавлено и она осталась в составе Китая.
Независимость Внешней Монголии.
Главой независимой Монголии стал 8-й по счету глава буддийской церкви «живой бог» Богдо-гэгэн. Теперь он был не только религиозным, но и светским правителем страны, и Монголия превратилась в теократическое государство. Ближайшее окружение Богдо-гэгэна состояло из высших слоев духовной и феодальной аристократии. Опасаясь вторжения китайцев, Монголия пошла на сближение с Россией. В 1912 Россия обещала поддержать «автономию» Внешней Монголии, и уже на следующий год ее статус как независимого государства был признан в совместной российско-китайской декларации. В соответствии с Кяхтинским соглашением, заключенным Китаем, Россией и Монголией в 1915, официально признавалась автономия Внешней Монголии под сюзеренитетом Китая. В этот период Россия и особенно Япония стремились укрепить свои позиции во Внутренней Монголии и Маньчжурии. В 1918, после того как в России власть захватили большевики, в Монголии под руководством Д.Сухэ-Батора была образована революционная партия, призывавшая не только к освобождению страны от иностранной зависимости, но и к удалению из правительства всех священнослужителей и аристократов. В 1919 клика Аньфу, возглавляемая генералом Сюй Шучженом, восстановила китайский контроль над Монголией. Тем временем сторонники Д.Сухэ-Батора объединились с членами кружка Х.Чойбалсана (другого местного революционного лидера), заложив основу для образования Монгольской народной партии (МНП). В 1921 объединенные революционные силы Монголии при поддержке советской Красной Армии одержали победу над противостоявшими им войсками, включая Азиатскую дивизию русского белогвардейского генерала барона Унгерна фон Штернберга. В Алтан-Булаке на границе с Кяхтой было избрано временное правительство Монголии, и в том же 1921 после переговоров было подписано соглашение об установлении дружественных отношений с Советской Россией.
Временное правительство, созданное в 1921, действовало в условиях ограниченной монархии, и Богдо-гэгэн оставался номинальным главой государства. В этот период внутри самого правительства шла борьба между радикальными и консервативными группировками. В 1923 скончался Сухэ-Батор, а в 1924 Богдо-гэгэн. В стране была установлена республика. Внешняя Монголия стала называться Монгольской Народной Республикой, а столица Урга была переименована в Улан-Батор. Монгольская народная партия была преобразована в Монгольскую народно-революционную партию (МНРП). В 1924 в результате переговоров между китайским лидером Сунь Ятсеном и советскими руководителями было подписано соглашение, в котором Советский Союз официально признавал, что Внешняя Монголия входит в состав Китайской Республики. Однако менее чем через год после его подписания Народный комиссариат иностранных дел СССР выступил в прессе с заявлением о том, что, хотя Монголия и признается советским правительством частью Китая, она обладает автономией, исключающей возможность китайского вмешательства в его внутренние дела.