«Прием и отвод» команд, следуемых на линию и домой, производились походными старшинами или дистаночными начальниками из башкир и мишарей. Последние назначались кантонными начальниками по 2-3 человека на кантон и утверждались генерал-губернатором. Командируемые на военно-сторожевую службу к назначенному сроку должны были прибыть на сборный пункт. Неявившихся в свои отряды людей наказывали «в страх другим» палками. Юртовые старшины передавали по спискам свои команды кантонному начальнику, а те - походным старшинам. При этом обращалось внимание на то. чтобы прибывшие на службу люди были из очередников, соответствовали установленному возрасту и каждый был «о двуконь», с «исправным седельным прибором и с крепкой ременной упряжной сбруей», а также с «исправными копьями, саблями, ружьями и сайдаком со стрелами», с «хорошей, не ветхой одеждой». Поскольку служащие на линии нередко привлекались к различным казенным работам, то каждый должен был иметь по косе и топору664.
По прибытии к месту назначения походные начальники распределяли воинов по редутам и крепостям. Военные чиновники наблюдали за тем, чтобы служащие не отлучались с постов, занимались боевой подготовкой, исправно несли службу. В случае смерти одного из командированных или лошади они требовали от кантонных начальников высылки замены. Во время марша и службы команд походные начальники вели учет и контроль над расходом продовольствия, фуража, «подможных» денег и отчитывались перед кантонными начальниками. Через каждые 7 дней походные старшины подавали кантонным начальникам, а также коменданту крепости или главному дистаночному начальнику, в чьем непосредственном подчинении находились прибывавшие на службу башкиро-мишарские команды, рапорты об их состоянии.
Ежедневные изнурительные учения, сопровождаемые физическими наказаниями за малейшую оплошность, денежными штрафами и взысканиями создавали невыносимые условия службы. Коменданты крепостей, главные дистаночные начальники, назначаемые из казачьих офицеров, а также башкирские и мишарские походные старшины расхищали средства, отпускаемые на содержание рядовых, использовали последних на различных своих работах. Полковник Прянишников, побывавший в 1829 г. в губернии по рекрутским делам, писал: «После тяжелых работ изнуренные башкирцы с наступлением зимы на тощих и чуть движущихся лошадях отправляются в свои улусы. Угнетение башкирцев неимоверно и я священным долгом считаю обратить внимание начальства на сих несчастных жертв корысти»665.
Кроме Оренбургской линии, башкиры направляли тысячную команду на Сибирскую пограничную линию. Эта служба была наиболее обременительной, так как приходилось ехать на дальнее расстояние и оставаться там в течение года. В 1800 г. она была заменена этапной службой по Сибирскому тракту, которая также длилась один год. Башкирские команды конвоировали ссыльных из Пермской губернии до Иркутска. Этапная служба по Сибирскому тракту продолжалась до конца 40-х гг. XIX в666. Башкир и мишарей привлекали к несению этапной службы на дороге Уфа-Челябинск (через Златоустовский завод), а также к конвоированию ссыльных в центральных и западных губерниях страны. Башкиро-мещерякское войско участвовало и в охране западных границ страны. Так, в 1828-1833 гг. два башкирских полка несли службу в Бессарабии667.
Башкирские и казачьи отряды использовались царским правительством для проведения карательных операций внутри Оренбургской губернии и в Казахстане. В большинстве случаев выступления трудовых масс одной народности подавлялись вооруженной силой другого народа. Так, выступление уральских казаков в 1805 г. было подавлено с привлечением башкирского полка. В 1823 г. отряд башкир из 3-го кантона участвовал «в усмирении» рабочих Каслинского и Кыштымского заводов. Восстание на Юрюзанском, Усть-Катавском и Катав-Ивановском заводах в 1829 г. подавлено отрядами из 3-го мишарского и 8-го башкирского кантонов668. В 1843 г. власти направили русских казаков и башкир на ликвидацию «картофельного бунта» крестьян Челябинского уезда. Восстание башкир, мишарей, тептярей и русских крестьян в 1835 г. разгромлено оренбургскими казаками при участии двух полков из южных башкирских кантонов. В 1825-1840 гг. силами казаков, башкир и мишарей военные власти организовали 15 карательных набегов на казахские степи669. Все это было связано с правительственной политикой противопоставления и разъединения трудовых масс различных народов.