Менее успешной была деятельность Витте в сфере аграрного сектора экономики, хотя полностью возлагать вину за это на него, очевидно, нельзя. При всем своем неприятии дворянских претензий к правительству он предпринял не мало усилий по обеспечению помещиков средствами для модернизации их имений. Продолжая линию своих предшественников, он активизировал деятельность кредитных учреждений по выдаче ссуд землевладельцам и сельским хозяевам. За 1895-1905 годы объем долгосрочных ссуд, выданных ипотечными банками под залог земли, превысил миллиард рублей. К выдаче краткосрочных кредитов помимо Государственного банка были привлечены частные кредитные учреждения. Условиями кредита и строгим контролем за их выполнением Витте пытался форсировать капиталистическую перестройку помещичьих хозяйств. Однако этот процесс в силу сохранения крепостнических пережитков, последствий мирового аграрного кризиса, ряда тяжелых неурожаев и т.д. шел крайне медленно.
В крестьянском вопросе Витте долгое время оставался ярым сторонником консерваторов славянофильской закваски, полностью разделяя законодательные меры Александра 3 по сохранению патриархально-попечительных начал в российской деревне. Так, в 1893 году он выступал горячим сторонником указа о сохранении общины и неотчуждаемости надельных земель. По его мнению, «общинное землевладение наиболее способно обеспечить крестьянство от нищеты и бездомности». Вместе с тем он считал, что положение крестьянства не так уж и тягостно, как это описывалось в литературе. Даже голод 1891 года он склонен был приписать изъянам статистики.[6,18]
Однако не прошло и пяти лет, как Витте понял, что тяжелое экономическое положение деревни ведет к падению платежеспособности крестьян и что это, в свою очередь, подрывает государственный бюджет и внутренний рынок промышленности. Выход из обострявшегося кризиса он видел в ликвидации правовой обособленности крестьян, их имущественной и гражданской неполноправности. В октябре 1898 года он обращается к Николаю 2 с запиской, в которой уговаривает царя «завершить освобождение крестьян», сделать из крестьянина «персону», освободить его от давящей опеки местных властей и общины. Проведение реформ сулило, по его расчетам, блестящие перспективы-3-4 миллиарда рублей ежегодных поступлений бюджетных доходов, что укрепило бы мощь России.
Но предложение главы финансового ведомства создать специальную комиссию по этому вопросу тогда не было принято. Царь даже не ответил на его обращение. Это и понятно. Дела, казалось шли блестяще, экономическая конъюнктура шла в гору. И Витте пришлось временно отступить. Когда государственный секретарь А.А. Половцев в апреле 1900 года в частной беседе напомнил ему о записке, тот ответил, что сомневается, «чтобы нашелся человек, который решился бы произвести необходимый для экономического подъема переход от общинного владения к подворному».[6,18] Лишь разразившийся финансовый и промышленный кризис, неурожай 1899 и 1901 годов, крупные крестьянские выступления 1902 года заставили Николая 2 создать ряд комиссий и совещаний для пересмотра крестьянского законодательства и выработки мер по подъему сельского хозяйства.
Витте возглавил один из важнейших таких межведомственных органов – Особое совещание о нуждах сельскохозяйственной промышленности (1902-1905 годы), сыгравшие заметную роль в разработке нового курса аграрно-крестьянской политики правительства. И опять свою программу ему пришлось разрабатывать и отстаивать в ожесточенной борьбе с реакционно – консервативными помещичьими и бюрократическими кругами, настроения которых выражала Редакционная комиссия по пересмотру крестьянского законодательства, возглавлявшая тем же В.К. Плеве, ставшим к тому времени министром внутренних дел. Борьба между ними шла с переменным успехом, носила подчас ожесточенный характер, с применением всего арсенала средств, особенно характерных для абсолютистских режимов, - интриги, клевета, использование придворной камарильи и т.п., когда все решалось завоеванием расположения монарха. Витте проиграл и вынужден был оставить пост министра финансов. Но разработанная им программа по крестьянскому вопросу сыграла немаловажную роль в процессе выработки правительством нового курса аграрной политики, предвосхитив в основных чертах последующие столыпинское законодательство.