В целом на этом этапе он попытался приспособить экономическую политику к общеполитической доктрине царствования Александра 3 с ее курсом на отстаивание консервативных начал во всех сферах жизни страны, к укреплению и расширению роли самодержавного государства. Усиление государственного вмешательства в хозяйственную жизнь страны нашло отражение в ряде мер – от разработки и широкого внедрения тарифного законодательства, чрезвычайного усиления регулирующей роли государства во внутренней и внешней торговле до выкупа в казну почти 2/3 всех железных дорог, расширения казенного промышленного сектора и усиления роли Государственного банка во всей народнохозяйственной системе и т.д. Вместе с тем он попытался активизировать и частный сектор, ввести новую систему налогообложения, облегчить порядок возникновения и деятельности акционерных предприятий. Если исключить расходы на эксплуатацию железных дорог и на винную монополию из сопоставляемых бюджетов, то балансовые их итоги определятся, за округлением: за 1892 г. – в 907 миллиона, а за 1903 г. – 1462 миллиона рублей, то есть второй итог превысит первый только на 61%, а средний годовой рост бюджета определится около 52%. Это последнее сопоставление и выражает более точно действительное увеличение бюджета при Витте, ибо расходы на эксплуатацию железных дорог и на казенную продажу питей в существе имеют характер оборотных, возмещаясь соответственными поступлениями. При Витте обыкновенные доходы всегда исчислялись в суммах, значительно превышающих итоги обыкновенных расходов, хотя классификация государственных расходов была изменена, и отдел обыкновенных расходов увеличен за счет чрезвычайных.
Так, с 1895 г. из чрезвычайных в обыкновенный отдел бюджета были перенесены расходы по перевооружению армии, по заготовлению специальных резервов продовольствия, по портовым сооружениям, по усилению и улучшению существующих железных дорог, а с 1901 г. в обыкновенный бюджет были отнесены также расходы на приобретение подвижного состава для казенных железных дорог. Какое значение имели эти изменения бюджетной классификации, можно судить хотя бы по тому, что в росписи 1903 г. одни лишь железнодорожные расходы, до 1895 г. относившиеся к чрезвычайному бюджету, достигли 100 миллионов рублей. Что касается чрезвычайного бюджета, в котором с 1901 г. сохранились только расходы по сооружению новых железных дорог, на приобретение подвижного состава в чрезвычайных размерах, по досрочному погашению займов, а также издержки, вызываемые войною и народными бедствиями, то часть этих расходов покрывалась чрезвычайными же поступлениями и излишком обыкновенных доходов над обыкновенными расходами. Для покрытия другой части чрезвычайных расходов приходилось прибегать к иного рода источникам. Для 1893 г. таким источником явился государственный заем, для 1894 г. – остатки от реализованного ранее займа, а для всех последующих лет – по заимствования из свободной наличности государственного казначейства. Эти по заимствования в общей сложности достигли колоссальной цифры 1078652 тысячи рублей. Объяснение этому дает исполнение росписей. Уже за 1892 г., роспись на который сведена с дефицитом, обнаружился избыток средств в 43388 тысяч рублей; за 1893 г. избыток определился в 159534 тысячи рублей.
Со второй половины 90-х годов экономическая программа Витте приобретает все более отчетливые контуры. Этому в немалой степени способствовала его борьба с оппонентами из дворянско-помещичьих кругов и их адептами в высших эшелонах власти. Виттевский курс на индустриализацию страны вызвал протест поместного дворянства. И либералов, и консерваторов объединяло неприятие методов реализации этого курса, затрагивавших коренные интересы аграриев. Что касается претензий помещиков, то они были и реальными, и надуманными. Действительно, покровительственная таможенная система, особенно четко проявившаяся в таможенном тарифе 1891 года и в русско-германских торговых договорах, вела к росту цен на промышленные товары, что не могло не затрагивать сельских хозяев. Ущемление своих интересов они видели также и в перекачке средств в торгово-промышленную сферу, что не могло не сказаться на модернизации сельского хозяйства. Даже золотое обращение, повысив курс рубля, оказалось для помещиков-экспортеров невыгодным, так как повышение цен на сельскохозяйственные продукты снижало их конкурентоспособность на мировом рынке. Но более всего раздражали реакционное дворянство взгляды Витте на будущее России, в котором высшему сословию не отводилось прежней лидирующей роли. Особенно массированными нападкам министр и его политика подвергались в ходе работы Особого совещания по делам дворянского сословия (1897-1901 годы), созданного по повелению Николая 2 для выработки программы помощи высшему сословию. Критика была столь ожесточенной, претензии реакционно-консервативных сил, требовавших восстановления прежнего социально-экономического и политического статуса дворянства как правящего сословия, так противоречили проводимой политике, что фактически стал вопрос о том, в каком направлении и каким путем идти дальше России.