Но во второй половине XVI века положение меняется к худшему. Длительная Ливонская война, эпидемии, политика властей, связанная с разорительной опричниной серьезно подорвали экономику страны, привели к обеднению населения, уходу его с насиженных мест. Многократное повышение налогов стало сказываться на состоянии крестьян и трудовых слоев населения города. Помещики также усилили свой нажим на зависимое население. Все это привело к хозяйственному кризису в России второй половины XVI века. Пустели города и селения, забрасывались пашни и луга. Мобилизации в армию сократили трудоспособное население. Бесчинства и грабежи царских служителей усугубляли бедственное положение страны. В конце XVI века окончательно устанавливается крепостное право для крестьянства России. В 90-х годах XVI века правительственными указами крестьяне лишаются права перехода от одного владельца к другому, прикрепляются к своим земельным участкам и владельцам. Это отрицательно сказалось на положении крестьян, что усилило тенденцию к самовольному уходу сельского населения в малозаселенные местности на юг, в Поволжье, или на Дон и Яик в казаки. Ухудшение положения крестьян грозило общественными конфликтами.
В начале XVII века увеличивается количество мануфактур, к середине столетия их число увеличилось до 30. Появляется первая частновладельческая мануфактура - Ницинский медеплавильный завод на Урале, построенный в 1631 году. Государство оказывало владельцам предприятий помощь землей, лесом, деньгами. На рубеже веков возрастают роль и значение купечества в жизни страны. Большое значение приобрели постоянно собиравшиеся ярмарки: Макарьевская (район Нижнего Новгорода), Свенская (в районе Брянска), Ирбитская (в Сибири), в Архангельске и другие, где купцы вели крупную по тем временам оптовую и розничную торговлю.
Наряду с развитием внутренней торговли росла и внешняя. До середины века огромные выгоды из внешней торговли извлекали иностранные купцы, вывозившие из России лес, меха, пеньку. Английский флот был построен из русского леса, а канаты для его кораблей были сделаны из русской пеньки. Центром русской торговли с Западной Европой являлся Архангельск, где имелись Английский и Голландский торговые дворы. Тесные связи устанавливались через Астрахань со странами Востока. В начале XVII века значительно расширился обмен товарами между отдельными регионами страны, что говорило о начале складывания всероссийского рынка. Началось слияние отдельных земель в единую экономическую систему.
Однако ведущей отраслью экономики государства по-прежнему оставалось сельское хозяйство. Рост объемов производства достигался за счет вовлечения в хозяйственный оборот новых земель: Черноземья, Среднего Поволжья, Сибири. В конце XVI века - начале XVII веков происходил дальнейший рост феодальной земельной собственности, передел земель внутри господствующего класса, использовалась раздача земель дворянам. В центральных районах страны практически исчезло землевладение черносошных крестьян. Запустение центральных уездов в результате длительного кризиса и оттока населения на окраины явилось одной из причин усиления крепостного права.
Таким образом, несмотря на некоторые положительные моменты в экономике Московского государства, в стране на рубеже XVI- XVII веков наблюдался тяжелый хозяйственный кризис, что не могло не отражаться на положении отдельных сословий.
Анализируя характерные черты сословного слоя Московского государства, можно отметить, что все слои общества обязаны были служить государству и отличались один от другого лишь характером возложенных на них повинностей. Часть населения, служилые люди, несли непосредственно боевую службу; другая часть, тяглые люди, несли «тягло» в пользу государства и служилых людей.
Высшим сословием в стране было боярство - потомки бывших великих и удельных князей. Они владели обширными вотчинами и пользовались большим влиянием в государстве; они входили, по назначению государя, в состав Боярской думы и занимали все высшие должности в военном и гражданском управлении. Однако опричнина Ивана Грозного, тяжелый хозяйственный кризис конца ХVI века расшатали экономическую силу боярства и ослабили его социальное влияние, начинается л процесс возвышения дворянства.