Пока страна пребывала под властью католиков, протестанты ожидали благословенного дня, когда на престол взойдет другая дочь Генриха VIII, от Анны Болейн, — Елизавета. Обыкновенно случалось так, что короли становились пленниками Тауэра. Елизавета же явила собой редкий пример обратного хода событий: заключенная своей сводной сестрой в Тауэр (как «незаконнорожденная» и не имеющая прав на престол), она провела в его стенах два месяца, а год спустя приняла корону, которую сохранила в течение 45 лет. Она не подписывала смертных приговоров до тех пор, пока в Англии не объявилась Мария Стюарт — низложенная и депортированная королева Шотландии, и при этом дважды вдова. Страстная натура вовлекла экс-королеву в водоворот политических интриг. Ее имя и происхождение неоднократно использовались для организации заговоров, целью которых было свержение Елизаветы, за что Мария не единожды оказывалась узницей Тауэра. Но Елизавета не спешила нанести своей сопернице смертельный удар. А вот любовник Марии Стюарт — герцог Норфолк —
после участия в заговоре был препровожден в Тауэр, а в 1572 году там же и казнен. Взойдя на эшафот, он воскликнул: «Я первый страдаю в царствование Ее Величества. Дай Боже, чтобы я был последним!» Однако спустя 14 лет Мария Стюарт все же была обезглавлена. В 1601 году та же участь постигла Роберта Деверо, графа Эссекского, бывшего фаворита Елизаветы, вздумавшего поднять против нее мятеж. Сидя в Тауэре, Деверо писал королеве письма прощения, но они оставались безответными. Ему отсекли голову на Тауэр-хил. Одна из башен теперь носит его имя.
Знаток философии, истории и древних языков, бретер и игрок, завсегдатай кабаков, первая рапира Англии, Уолтер Рэйли вызывал восхищение современников. Сочиненные им песни приводили в восторг Эдмунда Спенсера, а Бен Джонсон советовался с ним в вопросах драматургии, Бэкон считал за честь состязаться с ним в красноречии, Майерн брал у него уроки физики, а корабелы учились у него строить морские суда. Сам лорд-адмирал Англии однажды оказал ему неслыханную честь, смахнув пыль с его сапог. Рэйли завез в Англию табак и картофель.
Уолтера Рэйли бросали в королевскую тюрьму трижды. Большая часть его заточения прошла в Кровавой башне и Садовом доме, где одна из террас до сих пор называется Прогулкой Рэйли. Современники говорили, что за время его пребывания в Тауэре «королевская тюрьма превратилась в Академию наук и искусств». В тюрьме его посещали поэты, ученые и изобретатели; в Садовом доме Рэйли дистиллировал спирты и эссенции, здесь же он изобрел свою знаменитую тонизирующую микстуру, названную его именем, нашел способ перегонки соленой воды в пресную и написал свои фундаментальные труды: «Трактат о кораблях», «Прерогативы парламента» и многотомную «Всемирную историю».
Вряд ли вызовет удивление тот факт, что он был фаворитом Елизаветы. Впрочем, она же и заточила его в Тауэр в первый раз — за то, что он тайно женился на Элизабет Токмортон. И только счастливый поворот судьбы принес Рэйли и его жене освобождение.
В 1603-м умирающая Елизавета утвердила наследником престола сына Марии Стюарт шотландского короля Якова VI — и тот стал английским королем Яковом I. Ничтожный и трусливый, к тому же католик, симпатизирующий Испании, он вызвал недовольство английских патриотов. Среди них был, разумеется, и Рэйли. За что и попал в Тауэр во второй раз. Казалось, его ничто уже не могло оттуда вызволить.
Но в 1616-м Рэйли сообщил Якову о том, что ему вроде бы известно о существовании в Гайане золотых рудников, и просил позволения уехать туда, чтобы начать разработку. И король согласился. Прибыв в Южную Америку, Рэйли разграбил испанские колонии и утвердил там британский флаг. Взбешенный испанский король потребовал от Якова для королевского пирата смертной казни, и Рэйли в третий, теперь уже последний раз, очутился в Тауэре. Вскоре Яков подписал смертный приговор. Тюремщик зачитал этот приказ Уолтеру Рэйли в 8 утра 29 октября 1618 года. Тот вскочил с постели, поспешно оделся и вышел из комнаты. В дверях его встретил брадобрей: «Сэр, мы еще не завивали вашей головы сегодня». «Пусть ее причешет тот, кто ее возьмет», — ответил Рэйли.