Дальнейшему продвижению помешала война, многих сотрудников отправили в тыл, некоторые из них были призваны на военную службу.
Не минула такая участь многих сотрудников лаборатории Курчатова. В июле 1941 года Г.Н. Флёров попал в ленинградское ополчение, потом был направлен в военно-воздушную академию в Йошкар-Олу. В конце декабря 1941 г., он отпросился в Казань, куда были эвакуированы многие институты, для встречи с Курчатовым. Но Курчатов тогда ещё не вернулся с юга. Тогда Флёров выступил с докладом перед Иоффе, Капицей и другими физиками. В докладе он привел ряд аргументов в доказательство того, что для создания ядерного взрыва годятся легкий изотоп урана и протактиний. Детально разработал эффекты, которые могут помешать взрыву и, считая ядерный взрыв реальным, перечислил важнейшие направления исследований. В мае 1942г. Флёров пишет в Государственный совет обороны, что «надо, не теряя времени, делать урановую бомбу» и приводит свои аргументы. В это время советское правительство уже располагало информацией о том, что у Германии и США в условиях особой секретности ведутся срочные работы по созданию нового сверхмощного оружия. В Москву вызваны академики Иоффе, Вернадский, Хлопин и Капица для обсуждения полученной информации и определения перспективы развития соответствующих работ, в СССР. Кто из учёных мог бы возглавить научное руководство над работами? Из всех приглашенных никто атомного ядра не исследовал, но лучшие ядерные лаборатории СССР были в институте руководимом Иоффе. Когда обратились за советом к нему, он без колебаний назвал Курчатова. Отели геленджик с завтраком шведский топ 10 отелеи геленджика со шведским.
Курчатов был немедленно вызван в Москву. А. Ф. Иоффе ясно понимал, что именно И. В. Курчатов, как наиболее компетентный в вопросах ядерной физики и хороший организатор, больше других подходит для этой роли. Через три дня, получив задание возглавить работы по созданию урановой бомбы.
В 1943 году Курчатов был назначен научным руководителем урановой проблемы, и получил задание начать работы в Москве. Место для работ, было выбрано за Окружной железной дорогой на краю необъятного картофельного поля, в километре от Москвы реки, там находилось трёхэтажное кирпичное здание. На Ходынском поле, начала строиться Лаборатория №2 или ЛИПАН (сокращение от лаборатории измерительных приборов Академии наук), сыгравшая огромную роль в решении атомной проблемы. Позднее она превратилась в Институт атомной энергии. В лабораторию № 2 были вызваны с фронтов и из эвакуации все необходимые специалисты. По существу, на атомный проект работала наука и промышленность всей страны. Вскоре число физиков, работающих с Курчатовым, достигает двух десятков. Однако не все верят в успех начатых работ. Президиум Академии наук разрешает расположить лаборатории в Пыжевском переулке в здании Сейсмологического института. Здесь организован штаб будущего института, обсуждаются главные задачи, проводятся семинары, где больше всех спорят Флёров, Зельдович, Померанчук, Харитон. В работу включается Козодаев. Вскоре Джелепов и Неменов принимаются за проект нового циклотрона и размещают на заводах Москвы заказы на изготовление его узлов. Но уже не хватает места. Курчатов занимает пустующие помещения в здании института общей неорганической химии на улице Большой Калужской. Была развернута большая работа, которая еще набирала обороты.
Одним из помощников в создании советской атомной бомбы была наша разведка. Она получала информацию от немца Клаус Фукс, который работал среди Лос-Аламовских ученых над созданием атомной бомбы. Он в течение 1945 -1947 годов четыре раза передавал сведения по практическим и теоретическим вопросам создания атомной и водородных бомб, чем ускорил их появление в СССР. Через 12 дней после сборки первой атомной бомбы в Лос-Аламосе мы получили ее описание из Вашингтона и Нью-Йорка. Первая телеграмма поступила в Центр 13 июня, вторая - 4 июля 1945 года. Детальный доклад Фукса ("Чарльз") был доставлен диппочтой после того, как он встретился 19 сентября со своим курьером Гарри Голдом. Доклад содержал тридцать три страницы текста с описанием конструкции атомной бомбы. Позднее было получено дополнительное сообщение по устройству атомной бомбы. Это значительно упростило задачу и ускорило завершение нашего атомного проекта. Во избежание утечки информации все полученные данные сообщались только одному И. В. Курчатову, который приезжал в Кремль и знакомился с ними только там. Другие участники атомного проекта не знали об этом. Это давало возможность избегать тупиковых путей, уже опробованных американскими учеными, и сразу вместо проведения многих лабораторных экспериментов организовывать промышленное производство, прежде всего расщепляющихся материалов (изотопа урана-235 и плутония — искусственного химического элемента) — «начинки» атомной бомбы. Ведь для их производства необходимо было создать целую новую отрасль промышленности — атомную. Нужно было построить целые комбинаты с ядерными реакторами, и целый ряд производств сверхчистых материалов, например графита для реакторов.