Изменения в системе государственного управления не могли не отразится на положении православной церкви, которая во многом была частью государственного аппарата. Здесь единовластным начальником становится обер-прокурор, который в 18 веке лишь наблюдал за действиями и законностью решений Синода.
Одновременно была осуществлена реформа Сената. Всем министрам предписывалось подавать в Сенат ежегодные отчеты. Указ давал Сенату право ставить вопрос о пересмотре законов, если они не соответствовали действующим. Но вскоре Сенат фактически был низведен до прежнего положения.
Одновременно с реформами административными затронуты были и общественные отношения. Здесь также резко заявлено было направление, в каком предполагалось действовать; направление это состояло в уравнении всех общественных состояний перед законом. Затронут был щекотливый вопрос о крепостном праве. Александр 1 принимал меры к облегчению положения крестьян, но шаги в его решении этой проблемы были крайне осторожными.
12 декабря 1801 года был издан указ, предоставить право владеть землей
купцам, мещанам и казенным крестьянам, которые отныне могли покупать ненаселенные земли. Уже в начале царствования Александр 1 прекратил раздачу государственных крестьян в частные руки. Закон 12 декабря разрушил вековую землевладельческую монополию дворянства, которое до этого одно пользовалось правом приобретать землю в личную собственность. Правительство приняло этот проект, и 20 февраля 1803 года издан был указ о свободных хлебопашцах: помещики могли вступать в соглашение со своими крестьянами, освобождая их непременно с землей целыми селениями или отдельными семьями. Закон 20 февраля был первым решительным выражением правительственного намерения отменить крепостное право.
Больших успехов достигло в эти годы правительство на поприще народного просвещения. Реформацией в этой области, а также в области печати было призвано руководить учрежденное в 1803 году Министерства народного просвещения. В этом же году был утверждено новое положение об устройстве учебных заведений. В основу системы образования были положены принципы бессословности учебных заведений, за исключением военных, также бесплатность образования на низших ступенях, оно оплачивалось из государственного бюджета. Вводилась преемственность учебных программ между школами различных ступеней приходскими, уездными училищами, гимназиями, университетами.
Помимо существовавшего с 1755 года Московского университета в 1802-04 гг. были открыты Дерптский, Виленский, Харьковский, Казанский университеты. В 1804 году в Петербурге основан Главный педагогический институт, учреждены Харьковский, Казанский и Санкт-Петербургский университеты. Вся Россия была разделена на 6 учебных округов, с «попечителями» во главе. По Уставу все университеты получили значительную автономию: право выбирать ректора и профессоров, собственный суд, невмешательство административных властей и полиции в дела университета и возможность самостоятельно решать свои хозяйственные вопросы. Это послужило поводом для смягчения цензуры, ибо издание научных книг было бы затруднено в России.
Таковы были первые опыты перестройки управления и общественных отношений, они составляют первую эпоху преобразовательной деятельности Александра. Опыты эти недостаточно обдумывались и страдали важными недостатками: не всегда решения и указы были согласованы один с другим, велись чрезвычайно торопливо.
Затем последовали внешние события, на некоторое время отвлекшие императора от внутренних работ. Это было участие в двух коалициях против Франции - в 1805 г. в союзе с Австрией, в 1806 - 1807 гг. - в союзе с Пруссией. Во время этих войн расстроился интимный кружок первых советников императора. Походы и неудачи охладили первоначальное либерально-идиллическое настроение Александра. Собранные им наблюдения, поселили в нем недовольство к окружающим. Члены неофициального комитета один за другим удалились от императора, заседания проводились все реже. Требовался принципиально новый подход к решению задач.