Было восстановлено действие жалованных грамот дворянству и городам. Были возвращены на службу все исключенные без суда чиновники и офицеры (более 10 тыс.). Были освобождены из тюрем и возвращены из ссылок все арестованные и сосланные «тайной экспедицией». Было запрещено применение пытки. Разрешено было открыть частные типографии; было отменено запрещение ввоза иностранных книг из-за границы и разрешен свободный выезд русских подданных за границу. В указах, как и в частных беседах, император выражал основное правило, которым он будет руководствоваться: на место личного произвола водворять строгую законность. Для устранения произвола он указывал на необходимость коренных, т. е. основных, законов, которых почти еще не было в России. В таком направлении велись преобразовательные опыты первых лет. С первых дней нового царствования императора окружили люди, которых он призвал помогать ему в преобразовательных работах.
Император Александр, естественно, не мог не понимать, что, с одной стороны, обсуждать, а тем более проводить в жизнь либеральные реформы можно лишь силой самодержавной власти. С другой - правление Павла показало, что проведение каких бы то ни было преобразований без учёта мнений сановной аристократии, высшего офицерства очень опасно.
Основным центром, в котором разрабатывались идеи преобразований, стал так называемый Негласный комитет. В него вошли молодые друзья царя – граф П.А. Строганов, польский князь А. Чарторыйский, граф В.П. Кочубей и граф Н. Н. Новосильцев. Пятым членом Негласного комитета, формально не участвовавшим в заседаниях, стал Ф. Лагарп, вернувшийся в Россию в августе 1801 года. Все они принадлежали к поколению, непосредственно следовавшему за дельцами екатерининского времени; были приверженцами либеральных идей и считали необходимым реформировать государственное устройство России. Основными вопросами, обсуждаемыми на заседаниях, стали укрепление государственного аппарата, крестьянский вопрос и система образования.
Задачей этого комитета было помогать императору «в систематической работе над реформою бесформенного здания управления империей» так выражена была эта задача в одной записи. Положено было предварительно изучить настоящее положение империи, потом преобразовать отдельные части администрации и эти отдельные реформы завершить «уложением установленным на основании истинного народного духа». Начали с центрального управления.
Собиравшийся по личному усмотрению императрицы Екатерины Государственный совет 30 марта 1801 г. заменен был постоянным учреждением, получившим название «Непременного совета», получивший право опротестовывать действия и указы царя. Он состоял из 12 высших сановников без разделения на департаменты. Фактически Непременный совет был создан для разработки проектов реформ, но в первые месяцы его существования там рассматривались текущие дела по вопросам внутренней и внешней политики.
После рассмотрения в Негласном комитете царским указом от 8 сентября 1802 года была проведена реформа высших государственных учреждений. Вместо введенных Петром 1 коллегий были учреждены министерства: военное, военно-морское, иностранных дел, внутренних дел, коммерции, финансов, народного просвещения, юстиции. А также было введено Государственное казначейство на правах министерства. Началось составление единого бюджета государства, но из-за значительного дефицита, бюджет был строго секретным. Отчитывался министр непосредственно перед императором и от него же получал распоряжения по важнейшим вопросам. Министры и главноуправляющие на правах министров образовывали Комитет министров, статус которого был определен лишь в 1812 году. Комитет становился совещательным органом при императоре. Это впервые появилось в системе центральных российских учреждений. Главным отличием новых органов центрального управления была их единоличная власть: каждое ведомство управлялось министром вместо прежнего коллегиального присутствия, каждый министр был подотчетен Сенату.
Такова была первая попытка перестройки центрального управления, предпринятой новым императором. Эта мера, конечно, укрепила центральное управление. Но решительной победы борьбе с безответственностью, казнокрадством и взяточничеством достигнуто не было. В России начала быстро складываться прослойка бюрократии, всецело зависящей от милости царя и получаемого за службу жалованья.