Левые фракции в Думе получили в совокупности 222 мандата (43% общего числа избранных депутатов). Народники разных направлений - 157 мест. Социал-демократическая фракция насчитывала 65 депутатов. В то же время "центр" - кадеты потеряли 80 мандатов. Одновременно усилились правые и октябристы, они заняли в Думе 54 места (10%). Резкое ослабление кадетского "центра" и столь же явное усиление левого крыла уже говорило о том, что возможность соглашения между правительством и Думой стала еще более призрачной. Уже 6 марта Столыпин выступил перед депутатами с правительственной программой. Список открывал знаменитый указ 9 ноября, далее перечислялись другие аграрные мероприятия. Во всей остальной части речи Столыпин четко дал понять, что правительство для реализации этой программы готово совместно с законодательными учреждениями приложить все усилия, оратор сразу пояснил, какое правительство он имеет в виду: правительство, которое "хранит исторические заветы России", то есть самодержавно-монархическую власть. Концовка речи явно провоцировала левую часть Думы на резкие выступления. Столыпин говорил с особо выразительной интонацией, его слова были наполнены силой и чувством особенного достоинства. Речь была короткой, но слова, произнесенные в ней, стали историческими: “Все ваши нападки рассчитаны на то, чтобы вызвать у власти и правительства паралич воли и мысли; Все они сводятся в двум словам :"Руки вверх!" На эти слова правительство с полным спокойствием и с сознанием своей правоты , может ответить тоже только двумя словами "Не запугаете!”. Как ни тяжело было впечатление, произведенное на него заседанием 16 марта, Столыпин еще не допускал и мысли о роспуске Думы. В это время в Думе шли дебаты по двум вопросам: аграрная политика и принятие чрезвычайных мер против революционеров. Правительство требовало осуждения революционного терроризма, но большинство депутатов отказались это сделать. Более того, 17 мая Дума проголосовала против "незаконных действий полиции". Уже ни у кого не оставалось сомнения, что скоро II Дума прекратит свое существование, искался только предлог для роспуска думы. И вскоре предлог нашелся. С помощью двух провокаторов, агентов охранки было состряпано обвинение социал-демократической фракции II Думы, в подготовке ею военного заговора, который был направлен против царя и всего государства. На этом основании Столыпин 1 июня 1907 года потребовал отстранения 55 депутатов и лишние 16 из них депутатской неприкосновенности, чтобы их можно было немедленно арестовать. Через несколько месяцев на страницы печати "выплыли" две фамилии - Шорникова и Бродский. Они признавались, что "заговор" был организован по заданию охранки.
3 июня Николай II сам объявил о роспуске думы и назначил созыв на 1 ноября 1907 года. В манифесте, провозгласившим роспуск Думы, было объявлено о коренных изменениях в законе о выборах. Акт 3 июня 1907 года был справедливо назван государственным переворотом, он был совершен в нарушение манифеста 17 октября 1905 года, согласно которому ни один закон не может быть принят без санкции Государственной Думы. Надежды Столыпина на то, что может удастся склонить "центр", который был приемлем правительству, но уже с первых дней стало понятно, что надежда нереальна.
Мысль о необходимости изменения избирательного закона стала главной задачей не только для правительства и царя, но и для всей буржуазии. В это время начались разработки проектов. Он был разработан Советом объединенного дворянства спустя всего лишь неделю после открытия II Думы, на заседании 27 февраля 1907 года. Проекты избирательного закона вышли из октябристской среды. Таким образом, царь и Столыпин, встав на путь государственного переворота, опирались на поддержку не только черносотенцев и поместного дворянства, но и большую часть цензовой "общественности", включая не только октябристов, но и группу прогрессистов, хотя они предпочитали свое сочувствие взятому правительством курсу открыто не афишировать. При разработке нового избирательного закона, были полностью перераспределены квоты выборщиков в пользу буржуазии и помещиков. I и II Думы явно не вписывались в самодержавную систему, и надо было создать новую Думу, более "покладистую", а для этого все средства хороши.