После взятия Казани и Астрахани был организован приказ Казанского дворца - ведомство территориального управления. Еще в конце XV в. возникла Оружейная палата - арсенал русского государства. Более четверти века заведовал ею талантливый дипломат и тонкий знаток искусства Б.И.Хитрово. Именно на приказы Иван Грозный и его правительство возложили обязанности проведения в жизнь крупных преобразований в середине XVI в. Окончательное оформление приказов как учреждений произошло в конце XVI в., когда для каждого из них были установлены определенный штат, бюджет и на территории Кремля построены специальные здания. К середине XVII в. общее число приказов достигло 53 со штатом 3,5 тысячи человек. При крупных приказах создавались специальные школы для подготовки квалифицированных кадров государственных чиновников. Однако довольно рано проявились основные недостатки приказной системы управления: отсутствие четкой регламентации и распределения обязанностей между отдельными учреждениями; волокита, казнокрадство, коррупция.
Помимо системы местного самоуправления влиятельным институтом демократии в России ХVI-ХVП веков были земские соборы. Земские соборы созывались по инициативе государя для обсуждения важнейших проблем внутренней и внешней политики. Первый Земский собор был созван 27 февраля 1549 года как собрание «всякого чина людей в Московском государстве» или «великая земская дума» для обсуждения вопроса как строить местное самоуправление и где взять деньги на ведение войны против Литвы. В его состав входили члены Боярской Думы, деятели церкви, воеводы и дети боярские, представители дворянства, люди посадские.
Официальных документов, определяющих принципы отбора участников собора, не было. Чаще всего высшие слои государственной иерархии входили туда по должности, а низшие по определенным квотам избирались на местных собраниях. Юридических прав Земские соборы не имели. Однако их авторитет закреплял важнейшие государственные решения.
Эпоха Земских соборов продлилась свыше века (1549-1653 гг.).
Земские соборы являлись не только орудием укрепления самодержавия, но они способствовали формированию национально-государственного сознания русских людей.
Во второй половине XVII в. деятельность Земских соборов, равно как и земщины, постепенно угасает. Окончательный удар нанес Петр I: в период правления великого реформатора в империи бюрократия вытеснила земщину.
Важным элементом российской государственности, сближающим ее с восточной цивилизацией, является институт крепостного права.
Итак, к концу XVI века Московское царство стало мощным централизованным государством, объединившем в своем составе значительные территории. Апогей Московского царства приходится на годы правления Ивана Грозного. После смерти Ивана IV трон перешел к его безвольному и слабоумному сыну Федору (1584-1598). Федор был практически неспособен управлять государством, и постепенно вся власть сосредоточилась в руках боярина Бориса Годунова (1598-1605). Годы его правления совпадают с первым периодом «смутного времени» - династическим, на сестре которого был женат царь Федор. Продолжая политику Ивана Грозного, Годунов сурово расправлялся с враждебными ему представителями боярской знати. Его действия поддерживали широкие круги дворянства, богатые слои посадского населения, ближайшие сподвижники Ивана. Честолюбивый, умный и тонкий политик, Борис Годунов в течение 10 лет возглавлял правительство царя Федора. За это время были достигнуты значительные успехи в борьбе за укрепление русского централизованного государства и упрочение его международного положения.
Боярская Дума по-прежнему являлась важнейшим органом государства, разделявшим вместе с царем верховную власть. Заседания Думы, как правило, проводились ежедневно в одной из палат Царского дворца или в его государевой комнате. В период правления Михаила Федоровича фактически власть находилась в руках его отца-патриарха Филарета. И это способствовало усилению влияния церкви.
На восстановление и укрепление государственности Московского царства направлены были усилия приемника царя Михаила - Алексея Михайловича (1645-1676). В период правления Алексея Михайловича Россия существенно продвинулась на пути строительства правового государства. В 1649 году на Земском соборе было принято Соборное уложение, представлявшее собой основы законодательства России.